1942年，在攻占了法国的纳粹军队的淫威下，这所久负盛名的军校被迫解散。与此同时，一所由戴高乐创办的军官训练学校在 [[ 伦敦 ]] 成立，为自由法兰西培养着军队指挥员。战后，这所在战争中成立或保留下来的军校又合并为诸兵种军事专科学校并迁回本上。由于圣西尔军校的建筑已在盟军为[[ 解放巴黎]] 而实施的轰炸中被夷为平地，新校址只好设在距巴黎以西约300公里的雷恩市郊外。