阿克赛钦海拔较高，高寒气候。以康西瓦为例，年平均温度为-0.6℃，1月平均温度为-11.3℃，7月平均温度为9.8℃，无霜期10天，10℃以上活动积温为20℃。天文点年平均温度为-9.8℃，1月平均温度为- 21.0℃，7月平均温度为3℃。盆地位于雨影面， [[ 西南季风 ]] 很难越过 [[ 喜马拉雅山 ]] 进入，西风气流也难越过喀喇昆仑山和西昆仑山，实测年降水量均不到100毫米，康西瓦36毫米，天文点47毫米，空喀山口仅29毫米。