<p ul style="textline-height:36px; margin-left:20px; list-style-indentposition: 30pxoutside; line"><li><b style="margin-right:5px; margin-heightleft:30px5px;">1993年 </b> 時以國立清華大學校長身份出任[[交通部]]部長，由於離任交通部長[[簡又新]]在任內爆發[[十八標弊案]]，使交通部的形象繼前任交通部長[[張建邦]]的[[華隆案]]後，再次受到嚴重打擊，身為學者的他被[[連戰]]委以重任。時與同為臺灣人並擔任[[法務部]]長的[[馬英九]]並稱，劉馬兩人更一直維持著君子之交。由於學者嚴謹不阿的性格，任內多起工程與財團對立，任內（1993-1996）完成[[電信三法]]修法，成功推動電信自由化，引進美國最大的空運物流[[UPS]]及[[聯邦快遞]]來台營運，宣佈[[高雄港]]境外轄運(貨船)，這些重要政策的落實為[[亞太營運中心]]的國策奠基。不過，此後台灣兩岸政策轉向[[戒急用忍]]，電信自由化惠及國內，其他兩項政策就成效減少了。國民黨贏得[[1996年總統選舉]]後，在立法院只是僅僅過半，有不少民代要求不容易妥協的他與「查黑」過度的馬英九下臺。最後[[連戰內閣]]大改組時，與馬同時離開部長的行列，劉轉任學術性較強的國科會任主委，馬轉任政務委員。</pli><p li><b style="textmargin-indentright: 30px5px; linemargin-heightleft:30px5px;">1997年 </b> ，[[蕭萬長]][[組閣]]時出任行政院副院長，1998年馬英九參選[[臺北市長]]，劉兆玄義不容辭多次力挺協助 。1999 。</li><li><b style="margin-right:5px; margin-left:5px;">1999 年9月21日 </b> 淩晨，台灣中部發生7.3級的大地震，造成死亡2400多人，建築損毀10萬幢以上，經濟損失超過新台幣3600億元。時任行政院副院長的劉兆玄擔任救災執行長，坐鎮台中近三個月，完成搶救及災民安置，獲[[李登輝]]總統頒一等[[景星勳章]]。</pli></ul>