<p ul style="textline-height:36px; margin-left:20px; list-style-indentposition: 30pxoutside; line"><li><b style="margin-heightright:30px5px;">[[</b>2000年總統大選]] 中國國民黨失利後，劉也辭去行政院副院長一職，並出任國民黨主席連戰的文膽。劉兆玄曾多次力勸國民黨大幅度的改革調整，包括訂定排黑條款，將不符合資格的國民黨公職人員開除黨籍、將黨產全數信託處理、大幅精簡人事、招納青年人加入國民黨、黨員直選黨主席、黨內全面民主化等等主張，強調國民黨必須大破才能重生。然其主張對國民黨的衝擊過大，引起眾多派系勢力反彈，導致連戰任內改革成果有限，國民黨也未能在[[2004總統大選]]贏回執政權。</pli><p li><b style="textmargin-indentright: 30px5px; linemargin-heightleft:30px5px;">2004年8月 </b> ，出任[[東吳大學]]校長，重回學術界工作，將東吳大學定位為傑出教學之大學 。2006 。</li><li><b style="margin-right:5px; margin-left:5px;">2006 年 </b> ，東吳大學在教育部第一屆[[獎勵大學教學卓越計畫]]評比中獲全國第一名。</pli></ul>