於12世紀晚期，劍橋已經是一個興盛的商業聚落，由於鄰近的[[伊利 (劍橋郡)|伊利]]為主教 [[ 教堂 ]] 所在地，也有許多教士與 [[ 宗教 ]] 會所<ref name=":0">{{Cite news|url=https://www.cam.ac.uk/about-the-university/history/early-records|title=Early records|date=2013-01-28|newspaper=University of Cambridge|accessdate=2018-08-24|language=en}}</ref>在劍橋地區。於1209年，有一群來自牛津大學的學者為了躲避牛津市民針對學者的衝突而移居至劍橋。最初他們僅居住在臨時住所，但隨著發展，鎮上的房舍逐漸被開發為主管 (後稱學院院長: Master) 、學者與學生的居所。於1226年，在劍橋的學者數目似乎已經足夠發展成一個成熟的組織機構: 有一個行政長官 (後稱校監: Chancellor)，有學者授課，並擁有制定好的固定課程。在早期校方與劍橋居民偶有摩擦，原因是年輕的學生 (一般年紀在14-15歲左右) 容易引起騷亂，而居民也時常超收這些學者與學生的住宿或飲食費用。因此於1231年，國王[[亨利三世 (英格兰)|亨利三世]]頒發飭令將這個機構的成員納入保護免受當地地主的剝削，准許這個機構擁有相當程度的自治，以及免除部分稅賦 (而牛津大學遲於1248年才擁有類似的地位) 。他同時也要求教學方式必須一致: 只有那些註冊在被認可的主管 (Master)之下的成員才能留在劍橋<ref name=":0" /><ref>{{Cite book|author=Hilde De-Ridder Symoens|title=A History of the University in Europe: Universities in the Middle Ages|volume=1|year=2003|editor=Cambridge University Press|page=89|isbn=978-0-521-54113-8}}</ref>。