19世紀以前，南蘇丹的歷史並無文字記載。
一般 普遍 認為 ， 約10世紀時[[丁卡族]](Dinka)、[[努爾族]](Nuer)和[[希魯克族]](Shilluk)進入南蘇丹。約16~18世紀，[[阿贊德人]](Azande)與阿凡加拉人相繼建立政權。18世紀初，在[[阿拉伯人]]協助下[[歐洲]]人，在非洲大陸獵奴。
1899年[[英國]]與[[埃及]]共管蘇丹，1902年將南北作為兩個實體治理，但1944年[[朱巴會議]]決定合併南北蘇丹。1955年爆發[[第一次蘇丹內戰]]並於1972年簽定「[[阿迪斯阿貝巴協定]]」結束第一次內戰，蘇丹南方成立自治區。