現有的[[鐵路]]系統為蘇丹境內的Babonosa連接至南蘇丹的[[瓦烏]](Wau)。2010年接受聯合國的資金進行了維修。

2013年南蘇丹加入由肯亞主導並與衣索比亞合作的「拉穆港-南蘇丹-衣索比亞運輸走廊開發計畫」(LAPSSET)。於肯亞境內開闢拉穆港，並以鐵路及公路連接南蘇丹及衣索比亞，作為該二國的第二吞吐港。<ref name="CIA"/><ref>{{cite web | url = https://info.taiwantrade.com/biznews/%E8%A1%A3%E7%B4%A2%E6%AF%94%E4%BA%9E-ethiopia-%E7%B0%A1%E4%BB%8B-37937.html | title=衣索比亞(ETHIOPIA)簡介 | language=ZH | date=2013-06-27 | publisher=台灣經貿網| accessdate=2019-09-05}}</ref><ref>{{cite web | url =http://www.nepad.org/lamu-port-southern-sudan-ethiopia-transport-corridor| title=Lamu Port Southern Sudan-Ethiopia Transport Corridor | language=ZH| publisher=台灣經貿網| accessdate=2019-09-05}}</ref>