1953年，吳敬恆病重住院。根據好友[[李石曾]]在吳敬恆住院期間探望時寫下的[[日記]]記錄：「稚老在醫院晤面，屢次表示欲到[[ 美國]] 看子淑微就醫情況，俟較愈再往，而卒未能成行，稚老憾事……」日記中還記錄說，如果能成行美國，也不會[[海葬]][[金門]]。同年10月30日深夜，中國國民黨中央評議委員吳敬恆於臺北逝世<ref name="年表"/>{{rp|75}}，年89歲。蔣中正題詞「痛失師表」。12月1日，按照遺囑，蔣經國將他的遺骨運到金門，雇用漁船，「把它葬於廈門南面海底」<ref>《蔣總統經國先生言論著述彙編》第三集，台北：黎明文化事業股份有限公司，1983年2月</ref>{{rp|407－413}}。