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基因组分子生物学遗传学领域,基因组是指生物体所有遗传物质的总和。这些遗传物质包括DNA或RNA(病毒RNA)。

基因组包括编码DNA和非编码DNA、线粒体DNA叶绿体DNA

研究基因组的科学称为基因组学。

中文名:基因组

外文名:Genome

组 成:DNA 和RNA(病毒

类 型:生物遗传


简介

分子生物学遗传学领域,基因组指生物体所有遗传物质的总和。这些遗传物质包括DNA或RNA(病毒RNA)。

基因组DNA包括编码DNA非编码DNA、线粒体DNA和叶绿体DNA。

基因组这个术语由德国汉堡大学植物学教授Hans Winkler于1920年创建。

研究基因组的科学称为基因组学。

分类

病毒基因组

病毒基因组可以由RNADNA组成。 RNA病毒的基因组包含单链或双链RNA,也包含一种或多种单独的RNA分子。 DNA病毒基因组可以是单链双链DNA。大多数DNA病毒基因组由单个线性DNA分子组成,但有些由DNA病毒基因组由环状DNA分子组成 [1]

原核基因组

原核生物和真核生物基因组由DNA组成。古细菌有一个环状染色体组成的DNA基因组 ;[2] 。大多数细菌也有一个环状染色体,然而,一些细菌物种含有线性染色体 [3] 或多个染色体。大多数原核生物基因组中不含有重复DNA ;[4] 。一些共生细菌基因组种含有高比例的假基因,例如Serratia symbiotica基因组种只有约40%的DNA编码蛋白质 [5] 。 一些细菌基因组还含有辅助遗传物质,它们在质粒中存在。为此,基因组这个词不应该用作染色体的同义词。

真核基因组

真核基因组由一条或多条线性DNA染色体组成。组成真核生物基因组的染色体的数量差异很大,杰克跳线蚂蚁无性线虫的基因组每个只有一对染色体 ;[6] ,而蕨类物种有720对染色体 。人类细胞具有22对常染色体和1对性染色体。

除了细胞核中的染色体外,真核生物的细胞器叶绿体线粒体都有自己的DNA和染色体,因此,也有“线粒体基因组”和“质体基因组”的说法。与它们来源的细菌一样,线粒体和叶绿体都含有环状染色体。[7]

与原核生物不同,真核生物具有蛋白质编码基因的外显子 -内含子组织和一定数量的重复DNA。哺乳动物植物基因组的大多数由重复DNA组成 。

编码序列

携带合成蛋白质遗传信息的DNA序列是编码序列。不同物种中编码序列占基因组的比例差异很大。较大的基因组不一定含有更多的基因,并且复杂真核生物中非重复DNA的比例随着基因组大小的增加而减少 。简单的真核生物秀丽隐杆线虫果蝇中,编码DNA比例高于重复DNA ,而更复杂真核生物基因组则往往主要由重复DNA组成。一些植物和两栖动物基因组中重复DNA的比例超过80% 。同样,人类基因组中只有2%编码DNA。

非编码序列

非编码序列包括内含子,非编码RNA的序列,调控DNA和重复DNA。人类基因组的98%属于非编码序列。基因组的重复DNA有串联重复序列和分散重复序列 ;[8]

转座子

转座子(TEs)是具有特定结构的DNA序列,它们可以在基因组中跳动,位置不固定 [[9] 。I类TE通过复制和粘贴机制跳动位置,II类TE从基因组中切除并插入新位置。

TE的运动是真核生物基因组进化的驱动力,因为它们的插入可以破坏基因功能,TE之间的同源重组可以导致基因的复制,TE还可以将外显子和调节序列改组到新的位置 ;[10]

反转录转座子

反转录转座子可以转录成RNA,然后在另一个位点被复制到基因组中 ;[11] 。反转录转座子可分为长末端重复序列(LTR)和非长终端重复序列(非LTR)两大类反转录转座子 。

基因组大小

基因组大小是一个拷贝的单倍体基因组中DNA碱基对的总数。

基因组大小与原核生物和低等真核生物的形态复杂性呈正相关 。然而,在软体动物和上述所有其它高等真核生物之后,这种相关性已不再存在 ,主要是因为重复DNA的缘故。

基因组改变

生物体所有细胞都源自同一个单细胞,因此它们应该具有相同的基因组。但是,在某些情况下,细胞间会出现差异。细胞分裂期间的DNA复制和环境诱变剂的作用都可导致体细胞发生突变。在某些情况下,这种突变会导致癌症,因为它们会导致细胞更快地分裂并侵入周围组织。 在减数分裂期间,二倍体细胞分裂两次以产生单倍体生殖细胞。在此过程中,重组导致遗传物质从同源染色体重新洗牌,因此每个配子具有独特的基因组。

基因组进化

基因组不仅仅是生物体基因的总和,基因组还含有其它可以考虑特定基因及其产物的特征。

复制在基因组的塑造过程中起了重要作用。复制的范围包括短串联重复序列的延伸、基因簇的复制、整个染色体甚至整个基因组的复制。这种复制可能是创造遗传新性状的基础。

视频

人类基因组的奥秘

参考文献

  1. | The University of Texas Medical Branch at Galve
  2. [Samson, R.Y., Bell, S.D .Archaeal chromosome biology:Journal of Molecular Microbiology and Biotechnology ,2014:24 (5–6), 420–427. doi:10.1159/000368854]
  3. [Chaconas, G., Chen, C.W.Replication of Linear Bacterial Chromosomes: No Longer Going Around in Circles:The Bacterial Chromosome,2005:525–540]
  4. [Koonin, E.V., Wolf, Y.I.Constraints and plasticity in genome and molecular-phenome evolution:Nature Reviews Genetics,2010:11 (7), 487–98. doi:10.1038/nrg2810]
  5. [Land, M., Hauser, L., Jun, S.R., Nookaew, I., Leuze, M.R., Ahn, T.H., Karpinets, T., Lund, O., Kora, G., Wassenaar, T., Poudel, S., Ussery, D.W.Insights from 20 years of bacterial genome sequencing :Functional & Integrative Genomics,2015:15 (2),141–161. doi:10.1007/s10142-015-0433-4.]
  6. [Khandelwal, S.Chromosome evolution in the genus Ophioglossum L:Botanical Journal of the Linnean Society,1990:102 (3), 205–217. doi:10.1111/j.1095-8339.1990.tb01876.x]
  7. [Lewin.Genes VIII (8th ed.).Upper Saddle River, NJ:Pearson/Prentice Hall,2004:ISBN 978-0-13-143981-8]
  8. [Stojanovic, N (ed.) .Computational genomics : current methods.Wymondham:Horizon Bioscience ,2007:ISBN 978-1-904933-30-4]
  9. [Padeken, J., Zeller, P., Gasserm S,M.Repeat DNA in genome organization and stability:Current Opinion in Genetics & Development,2015:31, 12–19. doi:10.1016/j.gde.2015.03.009]
  10. [Kazazian, H.H .Mobile elements: drivers of genome evolution:Science,2004:303 (5664), 1626–1632. doi:10.1126/science.1089670]
  11. [Deininger, P.L., Moran, J.V., Batzer, M.A., Kazazian, H.H.Mobile elements and mammalian genome evolution:Current Opinion in Genetics & Development,2003:13 (6), 651–658. doi:10.1016/j.gde.2003.10.013]