大隅返國後回到母校[[東京大學]]，按照日本大學的制度，從1977擔任[[研究助理]]開始，花了將近9年的時間，才在1986年升上[[講師]]。1988 年轉至[[教養學部]]（College of Arts and Sciences）[[生物系]]擔任[[助理教授]]，成立自己的研究室，他曾自嘲那是個「很小的研究室，只有3個人 （他和他的兩個學生） 」，他在那裡蹲了4 年，做關於[[細胞液泡]]（vacuole）與[[囊泡]]（vesicle）的研究。'''這年他已43歲了''' -- 在那個年紀，很多學者已升任正教授職位了，而他才升至最基屬的職位 。他在那裡蹲了4 年，做關於[[細胞液泡]]（vacuole）與[[囊泡]]（vesicle）的研究 。

他 隨後 ，他 在1996年離開東京大學，轉至位於[[岡崎]]的[[國立基礎生物學研究所]]擔任教授，'''這年他巳51歲了'''。他在那裡完成了許多重要的發現，直到2009年退休。

到50歲時候的大隅，還只是個副教授 -- 可以說，50歲之前的大隅，其人生算不上成功；用他自己的話來說：「我沒有什麼競爭力，所以必須尋求新的領域做研究，哪怕是 並不受歡迎 很冷門 的領域。」

然後，同年（2009）轉至[[東京工業大學]]綜合研究院、前沿研究機構擔任特聘教授至今。因此，他曾感慨地說， 若 當初 若 沒有離開[[東京大學]]，也許無法完成這些有關「[[細胞自噬]]」重要的發現。<ref name="Yoshinori-12"></ref><ref name="Yoshinori-13"></ref><ref name="Yoshinori-21">[https://kknews.cc/zh-tw/science/ma9j6oz.html 大隅良典：大器晚成者 ]</ref>