屠呦呦大學畢業後被分配到[[ 中醫科學院]] 中藥研究所工作，她最優秀的研究工作完成於1969年至1972年之間，正值「文革」時期。

1969年，屠呦呦所在的中醫研究院接到了一個「中草藥抗瘧」的研發任務，那是一個不小的軍事計劃的一部分，代號523，目的在幫助北越政府「打擊美帝」，希望找到有效的抗瘧新藥，因為在1960年代的東南亞戰場上， [[ 瘧原蟲 ]] 已經對 [[ 奎寧類 ]] 藥物產生了抵抗性了，所以需要新葯來制止這地區的瘧原蟲。