微生物学是研究微生物的一门学科。微生物包括病毒、原核生物和简单的真核生物。目前，微生物学的最主要工作是用生物化学和遗传学方法完成的。由于很多病原（像是造成植物病害的四大病原：病毒、真菌、线虫、细菌）都可以算是广义的微生物，微生物学也和病理学、免疫学和流行病学密切相关 <ref>[https://www.sohu.com/a/284808978_734852 微生物学临床应用] ，搜狐，2018-12-26 </ref> 。微生物学家对生物学和医学做出过基础性贡献，尤其在生物化学、遗传学和细胞生物学领域。

微生物学的发展，随着显微镜的发明而开启，1665年英国人罗伯特·胡克发明显微镜，并观察到细胞轮廓（真菌细胞壁，但当时被认为是简单植物，直到二十世纪中才被证实是真菌），1673年荷兰人雷文霍克使用自己改进的显微镜观察到真正的细胞 <ref>[http://www.360doc.com/content/16/1027/17/37672080_601867724.shtml 第一位看见微生物的雷文霍克]，2016-10-27</ref> ，随着纪录多种微生物的形态。