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*德國牧羊犬因容易發生髖關節發育不良而聞名，此犬種的髖關節發育不良具有很強的遺傳相關性，但是育種者正在努力減少這種遺傳畸形的發生。當狗患有髖關節發育不良時，大腿骨頭不能正確地放入髖臼中。隨著時間的流逝，骨頭開始磨損，最終導致疼痛性關節炎。
*變性性脊髓病是可破 壞GSD 壞德國牧羊犬(GSD) 的最嚴重的疾病之一。這種神經系統疾病 是一種隱性遺傳疾病，耗發時期通常是中年犬或老年犬，這種疾病很難 與 人類多發 其他脊髓損傷的原因區分開，漸進 性 硬化症相似，會 導致狗後肢緩慢蠕動的麻痺。這是無法治癒的，最終這隻狗將無法自己移動。
*肛周瘺是德國牧羊犬最常見的疾病。該疾病的特徵是引流肛門周圍皮膚上的開口。患病的狗可能會排便勞不順，腹瀉或大便帶血，並經常舔肛門部位。在美學上理想的低尾巴搖擺是造成肛門上此問題的原因。
<ref name="iheartdogs">{{cite news|url=https://iheartdogs.com/ask-a-vet-what-are-5-important-health-concerns-for-german-shepherd-dogs/ | title = 德國牧羊犬有5個重要的健康問題？| language=en | publisher=I Heart Dogs | accessdate=2019-12-25 }}</ref>
像許多大型犬一樣，德國牧羊犬會患有多種心臟病，包括雜音，瓣膜疾病和心臟擴大。每年進行一次心臟檢查對於及早發現這些疾病至關重要，因為其中許多疾病對治療反應良好。