由于台湾籍居民身份触及[[台湾海峡]]两岸关系，陷入两岸政府间的[[政治]]攻防困境，迟迟未能成行。[[国民党]]七人小组介入后，由湖北省台办确定乘客名单，以“[[春节]]加班包机”名义（台湾称为“武汉撤侨包机”）在2月3日完成第一班中国大陆返台包机 <ref>[http://news.fznews.com.cn/fzsync/2020-02-04/1014121968427.shtml 滞留武汉台胞包机返台 第一批3日晚启程]，福州新闻网，2020-02-04</ref> 。[[飞机]]抵台后，一位不在陆委会优先乘客名单上的乘客成为台湾第11例确诊病例。台湾方面认为造成台湾防疫破口，所以原安排于2月5日、6日的后续包机班次，两地无法达成共识。其后台方提出自行派飞机到武汉接回滞留居民、派遣检疫人员在登机前检疫等要求均遭大陆方面拒绝。中国大陆之后提出的方案一周内将数千人全数送回台湾、遭到台湾因防疫为由而拒绝。导致2月6日之后的后续返台包机事宜陷入停滞。

2019[[冠状病毒]]病疫情暴发后，台湾（中华民国）政府试图以主权国家身份取得参加世界卫生组织的资格（参见：参与国际组织遭阻挠）。此举受到[[中华人民共和国]]政府激烈反对。2月6月，国台办负责人发表谈话，称台湾“利用疫情趁火打劫”，“以疫谋独”。大陆[[媒体]]《[[新民晚报]]》在2月中旬的报道中，将本次事件归为蔡英文政府的“以疫谋独”。抑或将本次事件描述为，蔡英文政府“以疫谋独”三部曲 <ref>[https://www.sohu.com/a/378648206_600541 民进党当局“以疫谋独”三部曲 每一件都会被记录在案] ，搜狐，2020-3-9</ref> 的第二部。