水星核心含有的铁高出太阳系内任何主要的行星，已经有几种理论被提出来解释。得到最广泛支持的理论是水星原本有着类于于常见的球粒陨石金属-硅酸盐比率的核心，被认为是太阳系内典型的岩石物质，质量大约是目前质量的2.25倍。在太阳系早期的历史中，水星可能遭受到一颗直径数百公里，质量约为其1/6的微行星撞击。这次撞击剥离了大量原始的[[地壳]]和[[地幔]]，留下的核心就相对的成为组成中较大的部分。这一假说得到了信使号分光仪对水星表面元素丰度观测的支持。一个类似的假说，称为巨大撞击假说，被用来解释地球的卫星，[[月球]]的形成。

另一假说为，水星在太阳输出的能量稳定下来之前就已经在[[太阳星云]]中形成。这颗[[行星]]原本的质量是目前的两倍，但在原行星的收缩过程中。当时水星的温度可能在2,500-3,500K，并且可能高达10,000K，水星表面许多的岩石成分在如此的高温下可能都汽化，成为大气层中的“岩石蒸汽”，然后被[[太阳风]]带走了。