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==元朝澎湖巡检司==
澎湖寨巡检司，或称澎湖巡检司，设置于澎湖群岛 <ref>[http://www.taiwan.cn/twzlk/lsh/mingqing/200909/t20090903_990768.htm 元代招抚台湾与设置澎湖巡检司]，中国台湾网， 2002-6-5 </ref> 。设治时间以1281年（元世祖至元十八年）的考证最为早，也就是根据一般史书及《元史》、《新元史》，考定：“蒙元世祖远征日本因风失败，迂回台湾，道经澎湖设治澎湖，企图进取台湾，作为征日本之准备。”
该地原于[[南宋]]隶属于[[晋江县]]，曾遣兵戍守澎湖。到元朝时该地方区划隶属于[[元朝]][[福建行省]]泉州路，主官为澎湖寨巡检。而澎湖寨巡检是元朝于澎湖群岛设置的官职，也是澎湖群岛首度设立正式的地方统治官署（前澎湖列岛归属于晋江县）。
==明朝澎湖巡检司==
1370年代，[[明朝]]统治中国后，仍循例于该地设置巡检官职，也继续设置澎湖巡检司这个行政官署，直至1384年实施封海[[政策]]而废除。1563年，考量沿海治安等因素，明朝复设澎湖寨巡检 <ref>[https://www.sohu.com/a/403540477_120751852 明朝是如何保卫台湾的？] ，搜狐，2020-06-22</ref> 。此官职直至1622年，荷兰占领澎湖为止，才免予实授。
1604年（万历三十二年）时，[[荷兰东印度公司]]司令官韦麻郎（Wijbrant Van Waerwijck）率两艘船抵达澎湖，并派员往福建请求[[贸易]]。福建当局立即严禁人民出海接济，并派都司沈有容率兵船五十艘前往澎湖，要求荷兰人撤退。韦麻郎见求通商无望，又缺乏补给，于是在当年底离开澎湖。明朝政府于岛上立有沈有容谕退红毛番碑，现存于澎湖天后宫。