王祖贤最广为人知也闹得最热闹的感情经历有两段，一个是大富商[[林建岳]]，一个是歌手 [[ 齐秦 ]] ，而富豪前男友林建岳跟王祖贤分手后至今还是单身。1998年3月19日，王祖贤在台北记者会上公开感谢男友齐秦，两人从1987年合作电影《芳草碧连天》开始交往，在一起分分合合近15年，2001年5月5日，王祖贤与齐秦出席了在高雄举办的第十二届台湾金曲奖颁奖典礼。2001年底，祖贤赴温哥华游学时（就读Langara College 兰加拉学院学习语言）正式告终。