在清初崇德元年（1636年），[[皇太极]]创立理藩院的前身“蒙古衙门”因蒙古部落归附清朝日多，故设立衙门，专管外藩事务负责处理对蒙古的事务。在三年后，将蒙古衙门改为理藩院 <ref>[https://www.y5000.com/whjc/33601.html 理藩院是干什么的？理藩院相当于现在的什么？]，中国历史网，2018-09-26</ref> 。随着帝国疆土日渐扩张，理藩院成为管理蒙古、[[西藏]]、[[青海]]、新疆以及西南土司等各个少数民族事务的行政机关，并兼理对俄罗斯帝国的事务。在顺治元年（1644年），顺治将藩院长官“承政”改名为“尚书”，副长官“参政”易名为“[[侍郎]]”，助理“副理事官”为“员外郎，并在随后的顺治十六年（1659年），让理藩院尚书、侍郎兼任礼部的官衔，将“理藩院尚书”定为“礼部尚书衔掌理藩院事”，将“参政”改名作“礼部侍郎衔协理理藩院事”。在顺治十八年（1661年），执政的四辅臣认为理藩院管理整个外藩事务，责任重大，附属于礼部不合适，便下谕此后理藩院官员不用兼礼部官衔，理藩院各长官又复称理藩院尚书和理藩院侍郎，同时也规定理藩院官制与六部看齐，并授权理藩院尚书可参与中枢议政。

在[[咸丰]]十年十二月（1861年1月）成立总理各国事务衙门以后，兼办对俄外交事务的作用被总理衙门接管。在光绪三十三年（1907年）九月，清末新政 <ref>[http://www.gaosan.com/gaokao/270428.html 清末新政内容]，高三网，2020-02-25</ref> 实行行政改革期间，改名为理藩部，由寿耆出任尚书。清亡后，中古式的外藩概念及封贡体系己不合时宜，在五族共和的理念下，各外藩变成了现代民族国家[[中华民国]]的一部分，理藩部再无存在的必要，遂废。