臨床症狀發作時，會依序出現寒顫、高燒、出汗三個典型階段，症狀發作間隔時間，以各種瘧原蟲在人體血液內進行之無性分裂之生殖週期而定，間日瘧及卵形瘧均為48小時，三日瘧為72小時，惡性瘧（又稱熱帶瘧）則不規則。其中以惡性瘧 (又稱熱帶瘧) 的症狀最嚴重，甚至發生脾腫、黃疸、休克、肝腎衰竭、急性腦病變、昏迷、死亡，其死亡率超過10 %以上，至於間日瘧、三日瘧、卵形瘧，則較不具致命性，但是血片或血液的檢驗確認是必要的，若缺乏血片採驗較不易區分是何種瘧原蟲的感染，患病如在採驗前曾接受藥品治療，則會影響到檢驗結果的正確性，故以多次採驗結果加以判斷，方為可靠。<ref>[https://www.chhw.mohw.gov.tw/?aid=508&pid=62&page_name=detail&iid=2060 傳染 並 病 介紹-瘧疾]衛生福利部彰化醫院感染管制中心</ref >。

經過此時期後 進入紅血球內的分裂小體發育為幼稚活動體 (immature trophozoite)，最初形態成細小環狀 ， 惡性瘧 ( 又稱 熱帶瘧為指環體 (ring form) 及三日瘧原 ，指環體繼續發育， 蟲 感 體逐漸長大為成熟活動體(mature trophozoite)，其核 染 者不再 質 (chromatin) 與細胞質 (cytoplasm) 開始分裂為分裂體 (schizont)，每一成熟分裂體，含 有 固定數目的分裂小體 ，分裂體破裂 (ruptured schizont) 後之分裂小體被釋出於血液中，如此在紅血球內的分裂繁殖稱紅血球內分裂繁殖 (erythrocytic schizogony)，然後分裂小體又進入新紅血球內發育，反覆其分裂繁殖至人體產生的免疫或被抗瘧藥物抑制為止。 紅血球外 與紅血球內繁殖皆為無性 繁殖 的原蟲 ，但 間日瘧及卵型瘧原蟲感 有些活動體發育長大後，其核 染 者尚 質與細胞質不分裂，而衍生為有性的特色，形成 有 少數原蟲可在肝臟停留數月 性別的配子體 (gametocyte)，其形成機轉過程 至 數年， 今尚不清楚。雄配子體較小 稱為 隱伏 小配子 體 (hypnozoitemicrogametocyte)， 伺機發育 雌性者較大稱 為 組織分裂 大配子 體 (tissue schizontmacrogametocyte)， 釋 雌雄兩性配子體如未被瘧蚊吸 入 胃內，可在 血液 裡生存3～14天，然後被吞噬細胞消滅，成熟配子體只能在人體外受精，即在蚊子胃 內 而引起瘧 受精發育<ref>[https://www.cdc.gov.tw/Category/Page/Iqx3j9OdRDcMYoPT1bqDjg 疾病介紹]臺灣衛生福利部 疾 的復發 (relapse)病管制署</ref>。

進入 紅血球 內的分裂小體發育為幼稚活動體 (immature trophozoite)，最初形態成細小環狀，又稱為指環體 (ring form)，指環體繼續發育， 在瘧原 蟲 體逐漸長大為成熟活動體(mature trophozoite)，其核染質 (chromatin) 與細胞質 (cytoplasm) 開始分裂為分裂體 (schizont)，每一成熟分裂體，含有固定數目 的 分裂小體 ，分裂體破裂 (ruptured schizont) 後之分裂小體被釋出於血液 繁殖過程 中 扮演不可或缺的角色 ，如 此在 果能阻止瘧原蟲進入 紅血球 內 ，也許就能給瘧原蟲一點苦頭吃？澳洲墨爾本大學 的 分裂繁殖稱紅血球內分裂繁殖 (erythrocytic schizogony)，然後分裂小體又 寄生蟲學家Alan Cowman等人利用一種先前被發現可以阻止瘧原蟲 進入 新 紅血球 內發育 的R1蛋白 ， 反覆其分裂繁殖至人體產生的 闡明了如果能避 免 疫或被抗 瘧 藥物抑制為止。紅血球外 原蟲的表面蛋白AMA1 與紅血球 內繁殖皆為無性繁殖，但有些活動體發育長大後，其核染質與細胞質不分裂，而衍生為有性 上 的 特色， 表面蛋白RON 形 成有性別的配子體 (gametocyte) 成tight junction這種緊密結合結構 ， 其形成機轉過程至今尚不清楚。雄配子體較小稱為小配子體 (microgametocyte) 即便瘧原蟲可以貼附在紅血球上 ， 雌性者較大稱為大配子體 (macrogametocyte)，雌雄兩性配子體如未被瘧蚊吸 也無法 入 胃 侵紅血球 內 ，可 部<ref>[http://biotech-ptt.blogspot.com/2010/10/blog-post.html 在 瘧原蟲侵入紅 血 液裡 求之前]PTT 統合 生 存3～14天，然後被吞噬細胞消滅，成熟配子體只能在人體外受精，即在蚊子胃內受精發育 命科學研究院</ref> 。

除 [[ 非 洲]] 裔人種由於基因上的缺損，對間日瘧具有抗性外，其餘大多數人對此疾病均具感受性。感染瘧原蟲後，可產生相當程度的抵抗力，所以在流行地區，當地人均有相當程度的抗性，而外地人進入該區，卻極易被感染；另地中海貧血症 (thalassemia)，如南島語系種族 (本島原住民屬之)，對瘧疾之抗性比較高，感染後症狀可能不明顯。

病人、接觸者及周遭環境之處理<br>*依傳染病防治法規定，瘧疾為第二類傳染病，凡符合通報定義者，應於24小時內完成通報，並採檢送驗。<br>*防蚊隔離：病人在燒退之前應預防被病媒蚊叮咬，病人應睡在蚊帳內，住處應加裝紗窗、紗門，避免外出並作好自我保護措施。<br>*接觸者處理：各地方政府衛生局應進行訪視及衛教，如發現有瘧疾疑似症狀時，應即進行疫調及採血，製作厚、薄層血片檢查後送疾病管制署確認，並請個案儘速就醫。<br>*接觸者及感染源調查：各地方政府衛生局接獲病例報告，應即進行個案訪視及衛教，釐清個案為境外移入或本土感染，並依規定上網登錄疫情調查表。<br>*醫院申請瘧疾治療藥物時請填具「領用瘧疾藥品同意書」及「服用瘧疾藥品副作用調查表」，建議張貼或註明於病歷中，以備主管機關查核。<br>*矮小瘧蚊孳生地之縣市，如發生境外移入病例，請衛生局主動通知轄區之醫療院所最新瘧疾境外移入疫情，提醒其注意，以維護撲瘧成果。<br>*擴大疫調：衛生局於接獲介入感染疫情時，應於24小時進行擴大疫情調查。擴大疫情調查由病例活動地點所在地衛生局（所）進行，相關防治措施亦由活動地點所在地衛生局（所）負責。原則上以病例住家/活動地點為中心向外擴大範圍，針對發燒疑患採血送驗，以掌控疫情擴散狀況並進行瘧蚊調查。<br>*瘧疾病媒蚊監視：各縣（市）政府應掌握轄區內矮小瘧蚊孳生地分布，必要時執行矮小瘧蚊監測計畫。<br>