但是，这一"六界说"很快就遭到了新的研究的挑战，特别是对[[囊泡藻界]]是否有共同起源的质疑。真核生物的分类目前仍有很大的不确定性。例如，把真核生物分为[[单鞭毛生物]]（Unikonta）与[[双鞭毛生物]]（Bikonta），前者包括[[变形虫界]]与[[后鞭毛生物]]，后者其它四界。但是，很多研究表明单鞭毛生物与双鞭毛生物都不是同源的进化支。另外，[[有孔虫界]]应该并入[[囊泡藻界]]。[[泛植物界]]也应该不是同源的，需要被细分。

==真核细胞==