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转录组
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转录组(transcriptome),转录组是一个或一群细胞中所有RNA分子的集合。指所有RNA(或仅指mRNA),具体取决于具体的实验。包括每个RNA分子的量或浓度。

转录组可以视为蛋白质组(即基因组表达的整组蛋白质)的子集。mRNA的水平与它们编码的蛋白质的表达水平并不成正比,mRNA翻译成蛋白质分子的数量高度依赖于mRNA序列的翻译起始特征,翻译起始序列的能力是募集核糖体用于蛋白质翻译的关键决定因素。[1]

定义

转录组是特定细胞中存在的所有转录本(transcript)的集合。 RNA的序列反映了转录的DNA序列。 因此,通过分析细胞中RNA或转录组的全部集合,研究人员可以确定生物体的细胞和组织中何时打开或关闭每个基因的时间和位置。

当研究没有参考基因组信息的生物时,可以分析该生物的转录组。 某些转录组分析包括:从头装配,新基因发现,新单核苷酸多态性(SNP)和插入-缺失突变(Indel,Insertion–deletion mutation)的鉴定,新剪接变体和基因融合发现,融合基因的鉴定,转录组同工型发现,定量测定和调控转录本的鉴定。[2]

转录组测序

转录组测序(RNA-Seq)的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和,主要包括编码RNA(mRNA)和非编码RNA 。转录组测序技术主要是针对转录产物mRNA进行高通量测序,无需了解物种基因组信息,能够全面快速地获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息,是基因功能及结构研究的基础。目前已广泛应用于生物学基础研究、临床诊断和药物研发等多个领域。[3]

参考资料

  1. 转录组测序设计与数据分析. 科学网博客 (中文). 
  2. Transcriptome Sequencing. Macrogen Oceania (英语). 
  3. 你了解转录组测序吗?. 每日头条. 2017-07-05 (中文).