截至2018年10月，学校设有[[闽南师范大学文学院]]、[[闽南师范大学新闻传播学院]]、[[闽南师范大学外国语学院]]、[[闽南师范大学法学与公共管理学院]]、闽南师范大学商学院、[[闽南师范大学数学与统计学院]]、[[闽南师范大学物理与信息工程学院]]、闽南师范大学化学化工与环境学院、[[闽南师范大学计算机学院]]、[[闽南师范大学教育科学学院]]、[[闽南师范大学生物科学与技术学院]]、[[闽南师范大学体育学院]]、[[闽南师范大学艺术学院]]、[[闽南师范大学马克思主义学院]]、[[闽南师范大学历史地理学院]]、[[闽南师范大学继续教育学院]]、[[闽南师范大学海外教育学院]]、[[闽南师范大学教师教育学院]]等18个教学院系，62个本科专业 <ref>[https://www.dxsbb.com/news/8816.html 闽南师范大学有哪些院系和专业-什么专业比较好]，大学生必备网，2020-2-9 </ref> 。

2011年，学校《高校、政府、中小学‘三位一体’教师教育改革试点计划》列入“福建省高校创新人才培养改革试点工作方案”，成为福建省“综合推进人才培养改革”十大试点项目之一，入选[[教育部]]教师队伍建设示范[[项目]] <ref>[https://www.ruyile.com/data/r284817/ 闽南师范大学师资力量怎么样，队伍水平如何？]， 如意了教育，2019-08-29</ref> 。