截至2018年，阿拉善盟有野生植物900余种。其中，被列入《内蒙古珍稀濒危保护植物名录》的有45种。一级保护植物有 [[ 梭梭 ]] 、 [[ 胡杨 ]] 、 [[ 肉苁蓉 ]] 、 [[ 四合木 ]] 、 [[ 绵刺 ]] 、 [[ 沙冬 青6 青]]6 种；二级保护植物有斑子 [[ 麻黄 ]] 、 [[ 裸果木 ]] 、蒙古扁桃、大叶细裂槭、甘草、 [[ 文冠果 ]] 、 [[ 贺兰山丁香 ]] 、 [[ 脓疮草 ]] 、 [[ 百花 蒿9 蒿]]9 种；三级保护植物有沙木蓼、阿拉善沙拐枣、荒漠黄蓍、 [[ 贺兰山棘豆 ]] 、内蒙古棘豆、阿拉善黄芩、 [[ 阿拉善单刺蓬 ]] 、 [[ 贺兰山女娄莱 ]] 、蒙新久苓菊、贺兰山稀花紫堇、贺兰山南芥、阿拉善沙芥、 [[ 阴山芥 ]] 、 [[ 针枝芸香 ]] 、长叶红砂、内蒙古邪蒿、阿拉善点地梅、互生叶醉鱼草、白麻、 [[ 贺兰山玄参 ]] 、 [[ 内蒙古野丁香 ]] 、戈壁短舌菊、 [[ 贺兰山女蒿 ]] 、阿拉善风毛菊、戈壁藜、瓣鳞花、甘青侧金盏花等30种。阿拉善盟天然乔木林分布110万亩，其中贺兰山西坡以青海云杉为主天然次生林58万亩；额济纳居延绿洲胡杨林44万亩。天然灌木主要有白刺、梭梭、绵刺、柽柳、沙冬青、霸王等，面积2980万亩。野生药材的种类和蕴藏量都比较丰富，生长有肉苁蓉、甘草、锁阳、苦豆子、麻黄、山沉香、黑果枸杞、罗布麻等多种名贵药材。