那麼從這一刻開始，出現了第一個歷史謎團，文字中明明記載著函內安放了三顆舍利，為什麼發現的只有兩顆？另外一顆去了哪裡？<ref>{{Cite web|url= https://www.163.com/dy/article/H5Q86BNQ05525WZC.html|title= 1981年，北京石經山發現兩顆舍利，因此牽扯出一樁千古懸案|date=2022-04-25|website=網易|accessdate=2024-04-16}}</ref>

1981年11月27日上午，房山縣雲居寺文物保管所工作人員在清理著名的石經山雷音洞地面時，于原佛座後面地下五釐米處，發現有一方石，下有豎穴，其記憶體有以漢白玉、青石、白銀、白玉四種原料作的五重寶函，當人們開啟了第五重白玉寶函，見到了二粒乳白色、如小米粒般大小的佛舍利，旁邊還伴著三顆珍珠。