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100部隊（100部隊、100ぶたい）是日本關東軍於滿州設置的一支從事研究、製造和施行細菌戰的軍事單位，是關東軍僅有的三支生化戰部隊（另外兩者為「516部隊」與「731部隊」）之一藤井志津枝，也是日本細菌戰體系[1] 的核心組成之一。
「100部隊」主要業務是對駐滿部隊所擁有的軍馬提供防疫工作方面的協助，以及研究與生產消滅牛、羊、馬匹各種牲畜和破壞小麥、裸麥、燕麥、蔬菜和稻米等植物的細菌，與生產用來直接攻擊人類之細菌的「731部隊」不同，偏向消滅敵國農業來間接打擊其經濟的手段，其主要假想敵為蘇聯，也因此與職掌情報的關東軍司令部第二部諜報課關係密切，也常在生產細菌的實驗上與「731部隊」交換資訊。
組織結構與設施
「100部隊」在運作上，受到關東軍司令部的直接管轄，最高責任者即關東軍獸醫部長，而實際領導者為「100部隊」的部隊長（以及其前身組織的「廠長」）藤井志津枝|y=1997|p=143。「100部隊」組織龐大嚴密，分工精確，其成員涵蓋許多化學家、植物學家、細菌學家、獸醫和農藝、解剖方面的各種專家，約有600至800人之間的日籍工作者和研究員，以及300名中國勞工，運作經費主要來源有二——陸軍省撥給該部隊的人員給養費用，以及陸軍省撥給關東軍製造防疫藥品的經費，也可於必要時追加撥款，以現存的1944年資料紀錄得知「100部隊」全年經費為160萬日圓，其中人事費和一般防疫經費為60萬，而細菌武器的研究製造費用則由關東軍司令部第二部提供，總額約100萬日圓。
「100部隊」分作五個主要部門：
- 總務部：負責部隊的營運，統籌全局、人事、後勤、醫療和衛生等工作，下屬若干分部（如研究分部、設計分部），也管轄佔地約60公頃的農場、20公頃的牧場和專用於試驗對動物的疫菌用於人體效果的禁閉室，這間禁閉室關押從朝鮮、滿洲、蒙古和蘇聯各地抓獲的實驗者，大多數人受驗後即遭到殺害。
- 第一部：負責研究關東軍各部隊軍馬與其他軍用動物（如騾、犬等）的血清，用於醫療諸如鼻疽、癱疽、傳染性貧血等動物疾病，關東軍各軍下轄的「軍馬防疫廠」也是由第一部提供指導和協助，人員為30至40名。
- 第二部「生產部」：負責各種細菌研究和製造，是「100部隊」的主要部門，編制人員150至200名（成立初期為軍官20名、科學工作人員30名、技術人員50名），下分成六個課：
- 第一課「細菌課」：由西田少佐和實驗員山口領導，進行對炭疽熱與鼻疽細菌的研究，另外還有由高秋大尉領導，研究大量陪洋牛疫、鼻疽、炭疽和羊痘等細菌之方法。
- 第二課「病理學課」：研究動物的鼻疽病和炭疽病。
- 第三課「臨床實驗課」：管理大量用於實驗的牛、馬、羊等動物。
- 第四課「有機化學課」：負責流行性疫菌、毒物的研究和生產。
- 第五課「植物學分課」：研究如何以最有效方法傳染和破壞植物之細菌病毒的方法。
- 第六課：自1943年12月高橋獸醫中將巡視後，為提高細菌生產能力而特別多設的一課，專門研究如何大量生產細菌、以細菌戰進行軍事破壞活動的方法，人員編制為40至60名。
- 第三部：製造預防、治療用的血清和疫苗，也負責關東軍各種動物的防疫工作，下設三科：第一科生產鼻疽、炭疽、腺鼠疫的血清、第二科則研究狂犬病毒、第三科則管理該部的馬厩。第三部人員共約100人。台灣日本綜合研究所研究員藤井志津枝在著作中則記述第三部為「庶務部」，下轄六課，負責部隊各項雜務工作。
- 第四部：名為「資材補給部」，負責管理關東軍軍馬防疫所需的資材，以及豢養大量實驗用的囓齒動物，成員有20至30人。
「100部隊」的營地由日軍以低於市場十倍的價格大量收購而建，與多個日本軍營相鄰，包括關東軍「59部隊」、「63部隊」、「77部隊」、「376部隊」、「132部隊」、「898部隊」等，這些兵營群佔地約方圓數十公里，而100部隊所佔面積東西寬約500公尺、南北長約1000公尺，面積達50萬平方公尺，其中馬飼養房約佔總面積的三分之一，四大部門均有各自的馬厩。第二部作為核心部門，其主樓為長60公尺寬、20公尺的三層樓房，共三處辦公場所，第三部佔有一處辦公地點，主樓由本部與一部、二部四科共用。四部配有倉庫四座，用於儲備物資材料。馬厩與辦公樓之間設有隱蔽的解剖室另外還有衛兵所、車庫、醫務室、食堂等設施。