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1936年10月，钟南山出生于南京，父亲钟世藩是中国著名的儿科专家，母亲廖月琴则是广东省肿瘤医院的创始人之一。 1953年，就读于广东实验中学。 1960年，毕业于北京医学院（现北京大学医学部）并留校任教。 1960年7月至1971年8月，担任北京医学院（现北京大学医学部）放射医学教研组助教。 1971年9月至1974年4月，担任广州医学院第一附属医院内科住院医师。

1974年4月至1978年8月，担任广州医学院第一附属医院内科主治医师。 1978年9月至1982年12月，担任广州医学院第一附属医院内科副主任医师、讲师。 1979年至1981年，赴英国爱丁堡大学医学院及伦敦大学呼吸系进修。 1983年1月至1986年12月，担任广州医学院副教授（于1985年后被指定为中央领导保健医生）。 1986年12月至1995年，担任广州医学院呼吸内科教授、硕士生导师。 1987年12月至1992年10月，担任广州医学院第一附属医院院长。 1992年5月至2002年12月，钟南山担任广州医学院院长、党委书记。 1992年2月至1997年12月广州医学院附一院广州呼吸疾病研究所副研究员 1995年8月，担任北京大学医学部呼吸内科教授、博士生导师。 1995年10月至1996年10月，公派到加拿大蒙特利尔市麦吉尔大学访问学者。 1996年5月，当选为中国工程院院士。 1997年12月至1999年12月广州医学院附一院广州呼吸疾病研究所主任医师。 1999年12月至2012年10月广州医学院附一院广州呼吸疾病研究所教授/副所长。 1998年6月，任中国工程院医药卫生工程学部副主任。 2003年，“非典”爆发，以钟南山为代表的医护工作者经长期努力，抗击了非典。 2004年，被评为“感动中国2003年度”十大人物之一。 2005年4月13日，当选中华医学会第23届会长。 2007年，获英国爱丁堡大学荣誉博士学位。 2007年10月，担任呼吸疾病国家重点实验室主任。 2009年7月，担任贵州医科大学名誉院长。 2009年9月10日，被评为“100位新中国成立以来感动中国人物”。 2010年，获澳门科技大学荣誉博士学位。 2012年10至2013年7月，任广州医学院附一院广州呼吸疾病研究所教授/常务副所长。 2013年7月至今，任广州呼吸疾病研究所所长。 2014年，获颁香港中文大学荣誉理学博士学位。

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