阿尔金自然保护区保护区内已发现高原植物267种，分属30科83属，新亚种17种。无乔木，只有半灌树，呈高原矮化特征

<gallery mode="packed" heights="140">

 

</gallery>

阿尔金自然保护区保护区内野生动物有359种。其中，有碲类30种，鸟类79种，昆虫250种（已发现新种2个）。国家一类保护动物12种、国家二类保护动物17种。