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阿尔金山自然保护区分布的国家一级保护动物除野牦牛、藏野驴和藏羚羊外，还有雪豹、北山羊、黑颈鹤、胡兀鹫、玉带海雕及金雕；二级保护动物有[[马熊]]、[[石貂]]、[[猞猁]]、[[豺]]、[[兔狲]]、[[盘羊]]、[[岩羊]]、[[藏原羚]]、[[秃鹫]]、[[兀鹫]]、[[藏雪鸡]]、[[猎隼]]、[[红隼]]、[[棕尾鵟]]等二十余种，考察中还发现了多种昆虫和植物新种。