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後因鐵路貪污案，西太后密召王清穆令其查清事實，正當該案嚴密偵查之時，直隸總督[[袁世凱]]接收巨款賄賂，以商部不應干涉為由，將王清穆升調直隸按察使，王羞與袁世凱為伍，憤而棄官還鄉。

1906年(清光緒三十二年)，江蘇省商辦鐵路公司成立，籌建滬杭甬鐵路，王應聘任總理。經兩年多實地勘測，王擬定長江南北兩線並進的計劃，南線為上海 — 嘉興的滬嘉線；北線為開封 — 南通的開通線。

1907年(清光緒三十三年)，他集資創建了崇明堡鎮第一家輪船公司——崇明輪船公司，自任董事長，並由上海承建“朝陽輪”，作為滬崇航運史上第一艘輪船。之後，又從香港添購“天佑輪”投入滬崇航運。