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因香港周邊海水汙染，境內稀有物種[[馬蹄蟹]]數目於觀察記錄其間劇減九成，而[[綠海龜]]於2003年至2007年間，皆沒有返回[[南丫島]]深灣繁殖區生產<ref>[http://appledaily.atnext.com/template/apple/art_main.cfm?iss_id=20071116&sec_id=4104&subsec_id=11867&art_id=10426143 瀕危海洋生物面臨絕種 團體促政府推行全面保護措施] {{webarchive|url=https://web.archive.org/web/20071118081717/http://www1.appledaily.atnext.com/template/apple/art_main.cfm?iss_id=20071116&sec_id=4104&subsec_id=11867&art_id=10426143 |date=2007-11-18 }}《蘋果日報 (香港)》，2007.11.16</ref>。

==生態事件==

===東涌河挖石事件===