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2004-05赛季，由于上赛季中发生的事情极大地损坏了科比的声誉，也使他饱受争议和批评。菲尔·杰克逊出版了新书《最后的赛季》（The Last Season: A Team in Search of Its Soul），在书中详细记述了2003-04赛季湖人的动荡，也同时批评了科比，说他“不可调教（uncoachable）”。 在赛季中期，鲁迪·汤姆贾诺维奇突然辞去了主教练的职务，理由是健康问题。汤姆贾诺维奇离开之后，湖人助教弗兰克·汉伯伦（Frank Hamblen）执掌球队完成了赛季剩余的比赛。尽管科比在这个赛季以场均27.6分排在联盟得分榜的第二位，但是湖人队却打得很挣扎，并且球队自1993-94赛季以来第一次未能进入季后赛。 这个赛季后的奖项评选中，由于湖人整体实力的下滑，科比没能进入最佳防守阵容，最佳阵容也仅仅是入选第三阵容而已。这个赛季中，科比还公开了和雷·阿伦以及卡尔·马龙之间的矛盾。<br>

2005-06赛季是科比篮球生涯的转折点。尽管之前与科比有分歧，菲尔·杰克逊还是选择重回湖人执教。科比对此举动表示赞同，各种表现证明，这二位的第二次合作还不错，带领湖人队重新回到了季后赛。科比的个人得分数据也是其职业生涯中最好的一个赛季。在2005年12月20日湖人vs达拉斯小牛队的比赛中，科比在前三节比赛中独得62分（第四节未出场），在他下场时个人得分62分竟比小牛全队61分的得分还高，科比是自24秒计时器引入以来的第一位做到此的球员。 2006年1月16日，湖人队面对热火队，科比与奥尼尔在赛前的握手和拥抱成为了当日的头条，标志着这两名球员之间的矛盾逐渐发生改变。 一个月之后的2006年NBA全明星赛上，这两个人被看到在一起说笑。2006年1月22日，在对阵多伦多猛龙队的比赛中科比得到了职业生涯新高的81分。除了打破之前由埃尔金·贝勒（Elgin Baylor）创造的71分的纪录，科比单场81分还是NBA历史上单场第二高分，仅次于威尔特·张伯伦于1962年创造的单场100分纪录。 [81] 在同一个月内，科比还成为了自1964年以来第一位连续4场比赛得到45分或更多得分的球员，成为继张伯伦与贝勒后第三位可以做到此的球员。 整个1月份，科比场均可以得到43.4分， 排在NBA历史单月场均得分第8位，以及除张伯伦外个人单月场均得分第一位。2005-06赛季结束时，科比创造了湖人队史单赛季取得40+场次最多的纪录（27）以及最多得分的纪录（2832）。科比凭借场均35.4的得分第一次获得了联盟得分王的头衔。在2006年NBA最有价值球员奖评选中排名第四，但他获得了22张第一名的选票--仅次于最后的胜者史蒂夫·纳什（Steve Nash）。湖人队打出了45胜37负的常规赛战绩，比前一个赛季多赢了11场。<br>