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1974年，为了推动[[新疆]]自然保护区的建设，[[袁国映]]代表自治区环境保护办公室与新疆林业厅[[王明达]]总工程师等共同依据新疆的特点规划了在新疆建设16个自然保护区的规划。
1983年经 [[ 新疆自治区 ]] 人民政府批准建立。
1984年由自治区环保局联合中国科学院新疆分院组成了地质、地貌、 [[ 气象 ]] 、 [[ 水文 ]] 、 [[ 土壤 ]] 、 [[ 植物 ]] 、 [[ 兽类 ]] 、 [[ 鸟类 ]] 、[[昆虫]]及 [[ 医学 ]] 昆虫等专业齐全的综合科学考察队，共60多人，对保护区进行了为期2个月的科学考察，取得了大量的科学样品和资料<ref>[http://travel.sohu.com/20090816/n265995674.shtml 阿尔金山国家级自然保护区的历史及科学价值]，搜狐旅游 ，2009-8-16</ref>。
1985年被 [[ 国务院 ]] 晋升为 [[ 国家级自然保护区 ]] 。为加强阿尔金山国家级自然保护区生态环境和自然资源保护工作，有效打击滥捕乱猎和各类破坏资源的违法行为，几年来，保护区管理处采取有效措施加强保护。
1986年升级为国家级自然保护区，由新疆维吾尔自治区环境保护局管理，后移交[[巴音郭楞蒙古自治州]]管理。
阿尔金山保护区内主要有8条河流与众多的时令河组成了高原盆地中的“大动脉”，滋润着广袤的高山草场。8条主要河流的的流域面积达两万平方公里。
保护区 [[ 湖泊 ]] 星罗棋布，总面积1200平方公里，占保护区面积的2.7%，对调节区内气侯起着重要作用。
保护区南北侧地下水量差异很大，最大的泉眼直径在200米以上，其它两口为50米。泉水为下降泉特点，其火山活动区，尚有多处待探明的高山温泉。
这里的自然景观也很优美，有世界上海拔最高的积沙滩沙漠、高原内陆不冻湖——阿其克湖、“高原桂林山水”新青峰、冰川密布的[[木孜塔格冰峰]]，此外还有[[千泪泉]]、[[阴阳湖]]、[[魔鬼谷]]等。
保护区内的[[库木库里沙漠]]是当今世界沙漠海拔高度之最。沙漠奇观堪称一绝，其中尤以东北部的 [[ 库木库里沙漠 ]] 和 [[ 鲸鱼湖 ]] 东部的积沙滩 [[ 新月形沙丘 ]] 最为著称。
库木库里沙漠掩埋了近代河床及冰积物，活动性较大，至今仍在堆积上升。沙丘底部潜水极为丰富。水依新月形沙丘而汇聚，集成月牙形水泊，名曰“ [[ 月牙泉 ]] ”。夏季形成小湖，碧蓝清澈；冬季封冻结冰，白如银月，大可与 [[ 敦煌 ]] 鸣沙山的月牙泉争奇斗艳。这一地区的气候最为变幻莫测。由于受季风和西风带的影响，风力有时竟达12级左右，气温在最冷时可达零下30度以下。 [[ 登山 ]] 的最佳季节宜选择在6—8三个月，以7月份为佳，其时好天气的周期较长。
由于这一地区的特殊地理位置和恶劣的自然条件，人迹罕见，一直处于原始神秘的状态，这里的 [[ 冰峰 ]] 、 [[ 雪原 ]] 、 [[ 草地 ]] 、 [[ 湖泊 ]] ，不仅形成了独特自然风光，也形成了完整典型的原始生态系统和生物群落，在这里仍生活着数十种珍贵动物。走进发现，湖水与雪山冰峰相互辉映，湖的形状恰似一条横卧着的肥大鲸鱼，头东尾西。
==自然资源==