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巨齿鲨因缺乏食物而灭绝；温度的降低，导致幼鲨无法生存；物种竞争中的失败。这是目前专家认为的三大灭绝推论 <ref>[https://www.sohu.com/a/249061346_351301 巨齿鲨真相]，搜狐网，2018-08-21 </ref> 。当大部分主流专家都认为巨齿鲨已经灭绝时，仍有人认为巨齿鲨的孑遗仍然存在，但证据仍似乎较缺乏。有人从巨齿鲨牙齿化石表面所积聚的锰，推算出巨齿鲨应在10000至15000年前依然生存，但也有人称这种估计是不准确的。更有研究指出，巨齿鲨可能只是沿岸的鲨鱼，在深海生存的可能性微乎其微。