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这种病毒的遗传组成存在争议。根据它的血凝素蛋白和神经氨酸酶的类型，科学家同意这是一种H1N1病毒。它是由人、猪和禽流感的遗传物质组成，而世界卫生组织认为它主要是由猪流感的基因组成的[1] 。

H1N1新型流感原是一种于猪只中感染的疾病[来源请求]，属于甲型流感病毒。美国疾病控制与预防中心资料显示，美国以前即曾有人类感染猪流感之病例。日前墨西哥与美国爆发的猪流感疫情，即为H1N1病毒所引起，但目前对此种结合猪流感、人类流感的新病毒的流行病学了解很少[1] 。

2009年3至4月，墨西哥爆发H1N1疫潮，导致过百人感染。疫情其后传播到全世界。2009年4月30日凌晨，世界卫生组织把全球流感大流行警告级别提高到第5级。2009年6月11日，世界卫生组织将全球流感大流行警告级别提升至最高等级第6级<ref>[2][3http://www.gov.cn/jrzg/2009-06/12/content_1338153_2.htm 世界卫生组织宣布将流感大流行警戒级别升至6级] ，中国政府网， 2009-6-12</ref> 。

甲型H1N1流感于2009年爆发时，最初世界卫生组织使用了“猪流感”（swine flu）的名称，当初获得大部分国家跟随，除了以色列因为犹太教禁食猪肉而使用“墨西哥流感”。另还有猪源流感[4] 、人类猪（型）流感[5] 、墨西哥流感[6] 、北美流感[7][8] 、H1N1新型流感[9] ，以及2009年H1N1流感[6] 等各种不一致的称呼。然而，没证据显示墨西哥是疫症源头，有关做法纯粹出于政治、宗教考虑。后来美国猪农抗议“猪流感”名称使人误会病毒经猪只传播，要求改称为“北美流感”，欧盟随即改称病毒为“新流感”。

2009年4月30日，由于农业界及联合国粮农组织的关切，世界卫生组织为免对因猪流感一词造成流感能经由进食猪肉制品传播的误解，当日开始改用甲型H1N1流感称呼该病毒 。[10][11][12] 。香港初时称俗称“猪流感”，其后跟随改称“甲型H1N1流感”，官方亦开始以“人类猪（型）流感”向外界通报。美国疾控中心则称之为新型甲型H1N1流感(novel Influenza A(H1N1))[13] 。 而香港大学微生物学系教授袁国勇表示，世卫将新型流感改名为甲型H1N1流感会令人分辨不到新型流感和季节性流感的分别。[14] 而美国CDC则发表研究结果证实第一例被确诊病例发生在墨西哥。