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臨床症狀發作時，會依序出現寒顫、高燒、出汗三個典型階段，症狀發作間隔時間，以各種瘧原蟲在人體血液內進行之無性分裂之生殖週期而定，間日瘧及卵形瘧均為48小時，三日瘧為72小時，惡性瘧（又稱熱帶瘧）則不規則。其中以惡性瘧 (又稱熱帶瘧) 的症狀最嚴重，甚至發生脾腫、黃疸、休克、肝腎衰竭、急性腦病變、昏迷、死亡，其死亡率超過10 %以上，至於間日瘧、三日瘧、卵形瘧，則較不具致命性，但是血片或血液的檢驗確認是必要的，若缺乏血片採驗較不易區分是何種瘧原蟲的感染，患病如在採驗前曾接受藥品治療，則會影響到檢驗結果的正確性，故以多次採驗結果加以判斷，方為可靠。<ref>[https://www.chhw.mohw.gov.tw/?aid=508&pid=62&page_name=detail&iid=2060 傳染 並 病 介紹-瘧疾]衛生福利部彰化醫院感染管制中心</ref >。