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刚独立之初，基本上继承了殖民时期的医疗保障制度，国家对医疗卫生事业投入所占比重较大。70年代，前扎政府推行医疗体制改革。1974年，医疗补贴制的试行开非洲之先河。建立中央、省及农村三级医疗体系，分设306个卫生区，由卫生部、省巡视厅分别负责管理。每个卫生区设有10至20个卫生站，保障10万至15万人的医疗。

上世纪90年代以来，由于资金和人力不足，卫生区濒临瘫痪，民众的卫生状况急剧恶化，各种疾病肆虐，死亡率明显上升。据统计，婴儿死亡率从1995年的14.1/100增至2001年的17/100（非洲平均8%）。45%的人营养不良，每年约50万人死于疟疾。15-49岁的人群中，14%的人携带艾滋病毒（2001年），仅1/17000的人口能享受到医疗保障，人均预期寿命为45岁。主要传染性疾病有疟疾、艾滋病、麻风、肺结核、霍乱、昏睡病、伤寒、埃博拉、血吸虫等。