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由於雲林莞草在潮溪注入之處與接近海堤的泥灘地大量繁殖生長，吸收了來自周遭排水溝挾帶營養鹽的污水，不僅淨化水質，提供底棲生物所需的有機物質，有活躍於淡水注入泥灘地的[[彈塗魚]]，以及大量[[和尚蟹]]在深具鹽份的潮間帶上行軍，也吸引不少魚群前來，造就冬候鳥與夏候鳥的棲息環境，保護區的管制僅開放漁民進出。每年約有100~200隻[[黑嘴鷗]]在此度冬，和[[北港溪 (雲林縣)|北港溪]]共並列是臺灣黑嘴鷗最多的棲息地。