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佳屏溪分佈20餘種水生植物，其中有數種屬於水族歸化植物，如異葉水蓑衣、光葉水菊、粉綠狐尾藻、小龍骨瓣莕菜、苦草、白花天胡荽及園 藝改良的小 [[ 獅子草 ]] 等。原生種中，白花水龍遊走在水面上，葉腋處產生白色呼吸根，同時兼具浮水功能，屬於不常見植物。流水中混生兩種石龍尾；小花石龍尾及新 記錄的屏東 [[ 石龍尾 ]] 。它們皆為兩棲性植物，水上及水下的葉形變化懸殊。畔邊的類雀稗及探芹草零散生長，是瀕危的熱帶性植物，目前僅見於五溝水。 柳葉水蓑衣特產在南部地區，不過分佈零星，屬稀有植物。墾丁地區分佈有較大族群，在沿海水窪、稻田、溝渠旁或沼澤中不難發現。墾丁一帶也盛產海生植物，記錄有泰來藻、線葉二藥藻及單脈二藥藻；深水處則有[[毛葉鹽草]]。 台灣最大型的湖沼濕地便是南仁湖，位在南仁山保護區中。當地由多處大小不一的水潭組成，分佈其間的水生植物種類豐富，稀有者如紅花紫蘇草、小莕菜、小花蓼、[[蔓蘘荷]]、[[菲律賓]]穀精草、卵葉水丁香、貝殼葉荸薺、南仁節節菜、小葉水蓑衣；後三者為新記錄植物。  <gallery mode="packed" heights="250">    </gallery>