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在浙江时恰值倭寇内扰，总督胡宗宪统兵数十万平乱，“督饷甚急”。郭乾负责军饷供应，“转输及时”。倭寇平息后，郭乾受到银币赏赐，晋升为浙江按察使。他审断狱案公正明白，合情合法，受到士民称颂。升任江西右布政使，再改陕西左布政使。

嘉靖三十八年四月擢都察院右副都御史，巡抚陕西。在巡抚任上，他严格约束部属，经考核落实，罢去贪墨属吏数人。从此，“自监司守令，莫不持身若冰玉”，嘉靖三十九年奉命“以原官总督三边”。按篆后，他大刀阔斧地整顿边备，裁四镇冗费、惩贪官、明赏罚、振废弛，励精图治，军威大振。