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1949年，为迎接[[中华人民共和国]]的诞生，吕荧离开台湾经[[香港]]至北京，摆脱了国民党的统治。到北京后，即以欣喜的心情撰文指出：新的时代已经到来，文艺工作者应将表现新现实、新人物作为自己的新课题。7月出席中华全国文学艺术工作者代表大会。全国解放后，去大连深入了解工人文艺的情况并辅导创作；1950年应邀至山东大学任中文系教授;此间，发表了不少关于新中国文学的评论文章，同时力求以马克思列宁主义和毛泽东思想指导文艺理论研究。1952年3月完成文艺论文集《关于工人文艺》和译著《列宁论作家》(均由上海新文艺出版社出版)。正当吕荧以十分的热情投入新中国文艺事业之时，厄运袭来。1951年11月，《文艺报》发表文章，以“左”的观点，点名批评吕荧所谓在文艺理论教学中的脱离实际和教条主义倾向。具有诗人气质、性格倔强的吕荧对这样的批评难以接受，发表文章予以反驳，以致被认为在思想改造运动中“采取了不正确的态度”，山东大学召开批判大会数次，形成运动的声势。山东大学校长华岗不想扩大势态，几次劝说吕荧，象征性地做一点自我批评，以便解脱，但吕荧坚决不肯做违背心愿之事，并于1952年春不辞而别，拂袖离去。1952年冬，吕荧应老友[[冯雪峰]]之邀至人民文学出版社任特约翻译。1954年3月加入[[中国作家协会]]，后担任《人民日报》社文艺部顾问至1956年。在此期间，翻译出版了《列宁与文学问题》、[[莎士比亚]]的《仲夏夜之梦》、[[普列汉诺夫]]的《论西欧文学》，并以主要精力从事美学研究。1953年7月完成美学论文《美学问题-- 兼评蔡仪教授的〈新美学〉》，对蔡仪的“美是客观”的观点提出批评，在国内美学界较早提出“美是物在人的主观中的反映，是一种观念”的观点，认为美是主观的。这一时期吕荧的文艺理论和美学论文结集为《艺术的理解》和《美学书怀》两个集子出版。正当研究与翻译不断取得成果之际，吕荧又一次被卷入政治漩涡。1955年5月25日，全国文联主席团和作协主席团举行联席扩大会议，决定开除[[ 胡风]][[中国作家协会]]会籍，撤销其中国作协理事等职务。心口如一的吕荧不满这种做法，立即登台发言，提出思想意识领域的问题不应等同于政治问题，当场遭到斥责，被赶下台。 6月10日，中共中央公布的《关于[[ 胡风]] 反革命集团的第三批材料》的编者指出：还有一部分暗藏的反动分子，“或者就是[[ 胡风]] 集团里面的人，例如北京的吕荧”，“站起来替[[ 胡风]] 辩护的就是这个吕荧”。19日，经最高人民检察院批准，吕荧被隔离审查，长达一年之久。直到1957年12月3日，《人民日报》发表他的著名美学论文《美是什么》(毛泽东亲自校阅了该文的“编者按”)，才公开为其平反，恢复声誉。在长时间的隔离审查中，吕荧精神上遭受严重摧残，导致严重的精神分裂症。1959年以后，身体时好时坏，加之家庭破裂，单身生活几不能自理。肖军、[[聂绀弩]]等人时常去探望他，吕荧在桌上、床上、沙发上到处都放着书，乱放着香肠、罐头、面包，烟灰缸里的烟蒂叠成塔形，屋子里弥漫着中药味，有时甚至不肯让朋友进屋。病情严重时，神智不清。即使在这样的情况下，仍坚持学术研究，1962 年发表了《关于“美”与“好”》的美学研究论文。