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生态系统之间并不是完全互相隔绝的，有的物种游动在不同的生态系统之间，每个生态系统和外界也有少量的物质能量交换。人类会创造人工生态系统，如农田的单一物种，城市的生态系统，都是人工创造的，人工生态系统一离开人类的维护，就会破坏，恢复到自然状态。

一切生物都是通过从外界摄取能量和物质以维持[[生命]]的，生态系统中的能量和物质流动正是通过各种生物摄取食物的方式形成的，而这种将各种生物联系到一起的[[能量]]和[[物质]]流动的链条则叫做[[食物链]]。食物链这个词是[[英国]]动物学家[[查爾斯•艾爾頓]]（C.S. Elton）于1927年首次提出的，据他自己说是受到中国俗语“大鱼吃小鱼，小鱼吃虾米”的启发。食物链包括几种类型：捕食性、寄生性、腐生性、碎食性等，如果一种有毒物质被食物链的低级部分吸收，如被草吸收，虽然浓度很低，不影响草的生长，但[[兔]]子吃草后有毒物质很难排泄，当它经常吃草，有毒物质会逐渐在它体内积累，[[鹰]]吃大量的[[兔子]]，有毒物质会在鹰体内进一步积累。因此食物链有累积和放大的效应。[[美国]]国鸟[[白頭海鵰]]之所以一度面临灭绝，并不是被人捕杀，而是因为DDT逐步在它体内积累，导致生下的蛋是软壳，无法孵化。一个物种灭绝，就会破坏生态系统的平衡，导致其物种数量的变化，因此食物链对环境有非常重要的影响。

====關鍵種====

关键种是指对环境的影响与其[[生物量]]不成比例的[[物种]]。这些物种对保持[[生态群落]]的结构起着重要的作用，它们影响着[[生态系统]]中其他许多生物，并决定了群落中各种物种的种类与数量。关键物种在生态系统中的作用类似于{{link-en|拱心石|keystone}}在[[拱]]中的作用。如果失去关键物种，生态系统就会经历剧烈的变化，尽管从[[生物量]]或[[生产力 (生态学)|生产力]]来衡量其只占了生态系统的一小部分。

[[生态系统]]中包括有不同的[[营养级]]生产者，主要有：

从[[阳光]]的[[能量]]中转换多少生物量为系统的生产量，主要指第一性生产者的[[有机物]]总量，不同自然条件的生产量不同，[[沙漠]]和[[海洋]][[生态系统]]的生产量最低，每昼夜只有不到0.1-0.3克/平方米，[[热带雨林]]则可以达到每昼夜10-20克/平方米。生产量大的生态系统则可以维持更多的生物存在，其[[自我调节]]能力也更强；生产量少的生态系统自我调节能力极低，生态系统则非常脆弱，经不起条件的变化和外界的破坏。

在自然条件下，由于环境的变化，会出现生态系统的演替。但如果变化过快，也会出现大量物种灭绝的危机，如[[恐龙]]在不到一万年的时间内全部灭绝；火山爆发造成当地生态系统的灭绝，都是生态危机。但最常见的是由于人类活动造成的局部地区的生态系统严重破坏，多处生态系统的破坏导致整个生态圈的结构和功能紊乱，最终会威胁人类本身的生存和发展。

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* [[分子生態學]]