明熹宗时，魏忠贤残酷镇压东林党人，[13]1625年，阉党罗织罪名，要打击天下书院，第二年，东林书院被封闭，除了先贤祠堂，全部拆毁，夷为瓦砾，田地和建筑材料都变卖，所得金钱运往宫中内库。[14]明思宗即位后，阉党失势，解除党禁，下诏修复东林书院。