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== 医院院徽 ==
主题造型为轮毂状。中间用橘黄色涡流状，体现温泉水从医院的土地下缓缓流出。外周用蓝色，向外伸出三条弧线，一是强化汉字偏旁中的“三点水”，体现“水”之意；二是意味着医院的温泉水象蓝色的大海一样滚滚流淌，永不枯竭。主题造型整体上突显小汤山医院拥有温泉水的特色。
== 非典时期 ==
2003年4月21日，在北京“非典”疫情最为严重的时候，北京市决定建立世界上最大的一级传染病医院——小汤山“非典”定点医院。4月22日下午，国务院对北京市的请示做出明确批复，国家紧急征用昌平区小汤山附近土地40.3公顷，用于建设非典定点医院。
“非典”疫情非常严重，SARS确诊患者正在以每天上百例的速度快速增长，医护人员的感染数量也在持续增加。4月22日下午，国务院对北京市的请示做出明确批复，国家紧急征用昌平区小汤山附近土地40.3公顷，用于建设非典定点医院。
5月1日小汤山非典收治定点医院正式启用，23时，救护车从小汤山非典医院开出，接入首批156名患者。
5月5日，全国各地114所军队医院的1200名医护人员分三批全部抵达。这是北京非典疫情由严峻走向缓和的转折点。 [14]
5月1日到19日，医院共接收13批680名患者。
6月20日10时05分，最后一批18名非典患者康复出院，此时距离小汤山非典医院正式接治非典病人只有50天，到了该给这所世界上收治非典病人最多的传染病医院贴封条的时候了。
6月23日清晨，小汤山医院首批900名医疗队员从北京撤离。