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1942年至1945年，日本占领新加坡的时期，东北帝国大学的地质学教授田中馆秀三接管了新加坡植物园和莱佛士博物馆。占领初期，他确保了植物园和博物馆内物品的安全。这两个学术机构也继续发挥着作用。埃里克·霍尔特姆和埃德雷德·约翰·亨利·科纳（Edred John Henry Corner）被软禁于植物园中，并指示他们继续杂交的园艺研究工作。新加坡植物园也被改名为昭南植物园。之后，东京帝国大学的退休植物学教授郡场宽成为了园长，直至战争结束。