2013年11月8日敦煌机场新一期扩建工程正式启动。扩建工程按照2020年旅客吞吐量96万人次、货邮吞吐量500吨设计，新建6000平方米的航站楼，并改造已有[[航站楼]]；扩建停车场5500平方米，站坪46700平方米（增加6个机位） <ref>[http://news.ifeng.com/gundong/detail_2013_11/08/31071735_0.shtml 敦煌机场扩建项目正式启动]，凤凰网， 2013-11-8 </ref> 。

敦煌国际机场T3航站楼 <ref>[https://www.sohu.com/a/111320493_259911 敦煌文博会场馆建设工程敦煌机场T3航站楼工程通过竣工验收] ，搜狐， 2016-8-20 </ref> 于2016年8月31日投入使用，面积达12198平方米，设有4个登机廊桥；航站楼分为主楼及东西两侧连接廊共三个部分，[[建筑]]最高点为22.8米；设迎客大厅、办票大厅、远机位候机厅、行李分拣厅、行李提取厅、近机位候机大厅、设备用房等。