百日咳常發生於5歲以下兒童，其他年齡層亦可能發生，但症狀較輕微或不明顯。以[[美國]]為例，1940年代後由於 [[ 疫苗 ]] 預防注射、良好的營養及醫療設施之改善，疾病發生率及死亡率已有明顯下降，1960年報告病例每10萬人口約8個人，到了1970年每年發生率小於5,000例，1980～1990年平均每年發生率2,900例（每10萬人口約1個人），在1992～1993年發生率突然增加，原因不明。國際上在1996年也同樣有發生率增加的狀況。現在美國每年平均報告病例3,000～5,000例。臺灣過去40年來由於預防注射普及，百日咳發生率逐年下降，從1955年每千萬人口775人降至1977年每千萬人口僅4人左右，而1977年之後至今僅有少數零星病例；死亡率也從1955年每千萬人口43人降至1958年每千萬人口不及10人，而自1975年之後至今並無死亡病例。但在1992年5月，[[ 花蓮縣| 花蓮]]地區爆發流行後，蔓延至[[臺灣]]各縣市，全年共報告226例，發生率每千萬人口約111人，又回復到1958年時之高發生情形。1993～1996每年平均報告80～90例，1997年報告病例又增加至477例，由流行曲線圖看來和美國似乎有相同情形，每3～5年出現一流行高峰。2001～2003年每年平均報告之通報個案呈現趨緩，大約維持在170～200例之間左右。