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大環內酯與細菌的核醣體50S亞基進行可逆結合，阻止細菌的蛋白質生物合成，從而阻礙肽醯tRNA的轉移。這種作用是制止菌生長，但在高濃度下亦有殺菌的效用。大環內酯傾向於[[白血球]]內積聚，所以能被運送至受感染的位點。由於細菌核醣體的構造與人類核醣體不相同，所以大環內酯不會阻礙人體內的蛋白質生物合成。而其他同樣利用核醣體的差異作出選擇有毒性的藥物有:氯黴素、 [[ 四環 黴 素 ]] 及 [[ 氨基糖苷類抗生素 ]] ，運作原理與結合的位點各有差異。