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历年来在国际乒联公布的世界男单排名中位居前列。世乒赛、世界杯和奥运会乒乓球男子单打“大满贯”得主。2006年正式宣布退役，任中国女子乒乓球队教练。2013年正式担任中国女子乒乓球队主教练。

2017年5月29日，新加坡赌场在香港起诉孔令辉，追债250万港元。30日，体育总局回应称暂停孔令辉中国女乒主教练工作，将依纪依规，严肃处理。