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四環黴素目前主要用於治療由立克次體(Rickettsia)、披衣菌(Chlamydia)、布氏桿菌(Brucella)、螺旋桿菌(Spirochaetes)等所引起的疾病。此外，四環黴素還可用於預防瘧疾(malaria)，治療[[炭疽病]](Anthrax)、[[黑死病|鼠疫]](Plague)、兔熱病(Tularemia)、及[[退伍軍人 症病]](Legionnaires' disease)等疾病。[[恙蟲病]]的治療，首選抗生素為四環黴素藥物治療，經妥善治療後，症狀通常會於48小時內獲得改善，若未適當治療，致死率高達60%。因此特別提醒抗生素需依照醫囑指示服藥，否則容易產生抗藥性<ref>[https://news.ltn.com.tw/news/health/paper/1362172 高燒頭痛惡寒 恙蟲惹的禍]自由時報，2020-03-29</ref>。