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学校最早可追溯追溯到清朝光绪年间在南昌办的“医学堂”，1932年部分中医界名流联合创办了学制五年的江西中医专门学校；1943年又创办了三年制的江西中医学校。新中国成立以后，1953年创办的江西中医进修学校，1958年该校更名为江西中医专科学校；1959年5月创建江西中医学院；1969年，与江西医学院（现南昌大学医学院）合并，成立江西医科大学；1972年11月与江西医学院分设，复名为江西中医学院；1973年，江西药科学校并入；2003年，江西省中医药高级技术学院并入，2013年4月18日，教育部复函江西省人民政府（教发函[2013]60号）文件，同意江西中医学院更名为“江西中医药大学” <ref>[http://old.moe.gov.cn/publicfiles/business/htmlfiles/moe/s181/201305/xxgk_151898.html 教育部关于同意江西中医学院更名为江西中医药大学的函]，中华人民共和国教育部</ref> 。

学校有校办企业3个，其中以江中集团 <ref>[https://www.jxutcm.edu.cn/info/1010/4535.htm 傅克刚深入校办企业调研]，江西中医药大学</ref> 最为著名。